Canadá. A jovem freira Agnes, que vive num convento, dá à luz a um filho, que é encontrado enforcado pelo cordão umbilical na lata de lixo de seu quarto. Sua gravidez foi mantida em segredo, com a situação apenas sendo revelada devido a um grito dado por Agnes. A situação é levada à justiça, que designa a dra. Martha Livingston, para analisar o estado mental de Agnes. Entre os advogados há consenso de que Agnes é louca, mas Martha, decide investigar a personalidade da jovem freira e as causas que a fariam cometer este ato. Porém ela logo bate de frente com a irmã Miriam Ruth, coordenadora do convento, que acredita que Agnes, é tocada por Deus e quer poupá-la do desgaste promovido pela investigação.